Следствием проведен большой объем работы по установлению всех обстоятельств крушения теплохода «Булгария» в 2011 году. В рамках расследования проведено около 1000 допросов свидетелей, потерпевших и должностных лиц. Помимо этого около 30 обысков и выемок, а также более 200 экспертиз. В их числе комплексная судоводительская и инженерно-техническая экспертиза, судебно-трассологическая, металловедческая, геномная, компьютерная и ряд почерковедческих экспертиз.
Следователи провели эту скрупулезную работу для установления причинно-следственной связи между противоправными действиями и наступившими последствиями. Тщательно проанализировав полученные результаты экспертиз в совокупности с другими доказательствами к уголовной ответственности привлечены пять человек. Наряду с помощником капитана судна Рамилем Хаметовым, в их числе субарендатор «Булгарии» Светлана Инякина, эксперт Российского речного регистра Яков Ивашов и два сотрудника Ространснадзора Ирик Тимергазеев и Владислав Семенов.
По данным следствия, Инякина, являясь лицом, обязанным соблюдать правила безопасности «Булгарии», эксплуатировала теплоход с многочисленными техническими неисправностями. Ею был допущен к работе персонал, не прошедший соответствующего обучения, а необходимый инструктаж по охране труда вовсе не проводился. В свою очередь Ивашов незаконно внес в официальные документы Регистра ложные сведения о годном техническом состоянии и соответствии «Булгарии» предъявляемым требованиям. Подтверждающие это документы Ивашов передал Инякиной, которая получила возможность эксплуатировать негодное к плаванию транспортное средство. Роль сотрудников Ространснадзора сводилась к выдаче акта проверки, необходимого для получения свидетельства на пассажирские перевозки. Хаметов, как полагает следствие, не убедился, что на теплоходе закрыты иллюминаторы. По версии следствия именно совокупные действия обвиняемых явились причиной трагедии и гибели 122 человек, находившихся на борту. В зависимости от роли каждого им предъявлены обвинения по различным статьям Уголовного кодекса, в том числе 238, 263, 143, 285 - оказание услуг, не отвечающих требованиям безопасности жизни и здоровья потребителей, нарушении правил безопасности эксплуатации внутреннего водного транспорта, а также правил охраны труда и злоупотребление должностными полномочиями. Санкции этих статей предусматривают наказание в виде лишения свободы на срок от 4 до 10 лет.
В мае 2012 года потерпевшим, обвиняемым и их защитникам было объявлено об окончании следственных действий и к настоящему моменту потерпевшие уже завершили ознакомление с материалами уголовного дела, объем которого составляет 90 томов. Пятеро обвиняемых сейчас продолжают знакомиться с материалами, и уже после завершения ознакомления уголовное дело будет направлено для решения вопроса об утверждении обвинительного заключения и последующей передачи в суд.
Кроме того, в 2011 году расследованы и уже рассмотрены судами уголовные дела в отношении капитанов судов «Арбат» и «Дунайский 66», Юрия Тучина и Александра Егорова, которые увидев людей на спасательных плотах, терпящих бедствие, не приняли всех возможных мер для их спасения. Им назначены наказания в виде штрафов в размере 130 и 190 тысяч рублей соответственно.