В соответствии с договором с союзниками район Берлина, в котором находился Рейхстаг, становился оккупационной зоной Великобритании. Поэтому в связи с передислокацией соединений Советской армии Знамя Победы было снято с купола Рейхстага. Вместо него было водружено другое красное знамя большего размера.
В дальнейшем Знамя Победы находилось в штабе 756-го стрелкового полка, потом – до 19 июня 1945 года - хранилось в 150-ой стрелковой дивизии 1-го Белорусского фронта.
Проводы Знамени Победы в Москву состоялись 20 июня 1945 года на берлинском аэродроме «Темпельхоф». Сопровождали проводы участники штурма Рейхстага С.А. Неустроев, К.Я. Самсонов, М. Егоров и М. Кантария. В Москве на Центральном аэродроме им. Фрунзе Знамя Великой Победы встречал помощник коменданта Москвы полковник Н.В. Гребенщиков. Три Героя Советского Союза — знаменосец гвардии старший сержант Ф.А. Шкирев, ассистенты гвардии старшина И.И. Папышев и гвардии старший сержант П.С. Маштаков — составили знамённую группу.
Знамя Победы должны были пронести по Красной площади на Параде Победы. Предполагалось, что на параде его пронесут герои, водрузившие знамя над Рейхстагом — Неустроев, Кантария, Берест и Егоров. Но со строевой подготовкой они были знакомы плохо, кроме того, получили немало серьезных ранений. На репетиции знаменосцы прошли неудачно - назначать других было бы странно, а времени для репетиций оставалось немного. Маршал Советского Союза Георгий Константинович Жуков принял решение не выносить Знамя Победы на парад. По распоряжению Главного Политического управления РККА от 10 июля 1945 года оно было передано в Центральный музей Вооружённых сил СССР в Москве на вечное хранение.
После 1945 года Знамя Победы впервые было пронесено по Красной площади в 1965 году — по случаю 20-летия Победы. Знаменосцами Парада Победы 9 мая 1965 года были: полковник К. Самсонов, сержант М. Егоров, младший сержант М. Кантария. До 1965 года в прежнем здании музея экспонировалось подлинное Знамя Победы. К 1965 году к Знамени Победы был приставлен почётный караул.
Закрепил юридический статус Знамени Победы принятый в 2007 году Федеральный закон от 07.05.2007 № 68-ФЗ «О Знамени Победы», согласно которому Знамя Победы является официальным символом победы советского народа и его Вооруженных сил над фашистской Германией в Великой Отечественной войне 1941 - 1945 годов, государственной реликвией России.